Les conséquences de trop de consanguinité et de perte de diversité génétique
Parlons d’abord de la consanguinité et de ce qu’elle signifie pour les éleveurs de chiens. La consanguinité au sens large fait référence à l’accouplement entre individus apparentés au niveau génétique. La progéniture hérite d’une certaine quantité d’ADN identique de ses deux parents. Plus les parents sont proches les uns des autres, plus l’ADN de la progéniture est identique. Le coefficient de consanguinité est une mesure de la part d’ADN héritée de chaque parent à partir d’ancêtres communs. Il est important de noter que la plupart des chiens de pure race sont issus d’un processus d’élevage consanguin à un certain degré. Une fois que le livre des origines est constitué et fermé, la population revient à un nombre déterminé d’individus fondateurs et tous les chiens de cette race sont apparentés. Si les races sont gérées avec soin, elles peuvent être maintenues avec peu ou pas de conséquences. Cependant, avec le temps, la consanguinité répétée peut conduire à une réduction de la diversité génétique dans une population, ce qui, à son tour, peut conduire à encore plus de consanguinité car les individus de la population sont plus susceptibles d’être étroitement proches les uns des autres.
L’érosion de la diversité génétique est nuisible à la santé des individus et à celle de la population d’une espèce ou d’une race dans son ensemble. En effet, la consanguinité augmente le risque qu’un individu hérite des deux copies d’un gène récessif variant génétiquement délétère, ce qui accroît les probabilités d’être malade. De plus, les variations génétiques bénéfiques peuvent être perdues à jamais.
Les recherches menées par le laboratoire d’Adam Boyco à Cornell ont démontré qu’une augmentation de 10 % de la consanguinité peut conduire à une réduction de 6 % de la taille adulte et un retard de six à dix mois de la durée de vie. Des recherches supplémentaires ont démontré que l’augmentation de la consanguinité a des impacts sur la taille de la portée et la fertilité. Ces risques peuvent provenir à la fois d’une lignée dans l’élevage et de la consanguinité où la plupart des individus ne sont pas parents éloignés.
L’intérêt du calcul du coefficient de consanguinité
Les tests COI permettent aux éleveurs de chiens de déterminer la diversité génétique et la consanguinité de leurs chiens. Les résultats peuvent être affichés sous forme de graphiques ou de tableaux, ce qui offre la possibilité de les comparer à d’autres chiens de la même race ou à des chiens de toutes races. Des études ont montré que plus le COI est élevé, plus le chien est exposé à des maladies héréditaires, à des portées plus petites et à une durée de vie plus courte.
Le COI est un outil essentiel pour les éleveurs de chiens, qui leur permet de mieux connaître la santé et la variété génétique de leurs animaux et portées.
La méthode traditionnelle de mesure du coefficient de consanguinité d’une portée consiste à utiliser les pedigrees pour estimer le degré de parenté et donc la quantité d’ADN identique dont les descendants hériteront en moyenne. En analysant le pedigree, on peut calculer la probabilité qu’un gène particulier soit partagé entre chaque membre de la portée.
La méthode moderne, le COI peut également être mesuré directement en utilisant des marqueurs génétiques, il est alors appelé COI génétique. Un grand nombre de marqueurs génétiques permet d’obtenir des mesures plus précises que celles du COI basé sur le pedigree.
Les avantages du COI génétique
Les estimations génétiques du COI présentent plusieurs avantages :
- Cette méthode permet d’éviter les variations du COI entre frères et sœurs d’une portée en raison de la variabilité de l’ADN qu’ils héritent de leurs parents. Les coefficients généalogiques basés sur le pedigree sont une estimation de l’ADN moyen du descendant (COI) attendu pour tous les individus d’une portée.
- Ces estimations sont basées sur le pedigree et supposent que les ancêtres compris dans le calcul de l’algorithme (en général 5 générations) ne sont pas apparentés. Cependant, cela ne correspond presque jamais à la réalité pour les chiens, ce qui rend les estimations génétiques moins précises pour chaque individu. Les estimations du coefficient de consanguinité (COI) fondées sur le pedigree sous-estiment presque toujours de manière substantielle l’étendue réelle de consanguinité dans les cas où les individus fondateurs sont apparentés jusqu’à 5 ou 10 générations en arrière. De plus, une généalogie incorrecte ou des individus manquants peuvent fausser ces estimations.
L’outil EMBARK du calcul de consanguinité génétique
Nous avons vu ci-dessus comment le coefficient de consanguinité (COI) génétique diffère du coefficient de consanguinité basé sur le pedigree que nous appellerons COI généalogique.
Pour contourner les problèmes de la méthode traditionnelle, le laboratoire EMBARK utilise des estimations de COI génétiques directement issues de l’ADN, qui permettent d’identifier plus précisément la consanguinité dans le génome des chiens. Avec plus de 230 000 marqueurs génétiques utilisés dans le calcul, les tests COI d’EMBARK sont les plus précis et cela a une importance capitale, car un calcul basé sur peu de marqueurs peut se révéler contreproductif ! Cela permet aussi de mener des recherches plus approfondies sur l’impact de la consanguinité sur leur santé et d’autres caractéristiques. Pour aider les éleveurs, EMBARK a mis au point différents outils en ligne disponibles pour les éleveurs et les chiens enregistrés dans leur base.
Ces outils sont intéressants pour les éleveurs car ils permettent de mieux comprendre la santé et la variété génétique de leurs chiens et de leurs portées.
AFC résolument tourné vers la modernité (ou la science génétique) !
Vous savez que pour AFC, la diversité génétique est primordiale ! Il est plus que temps de revenir à un élevage moins « spectaculaire » et plus sain ! C’est pourquoi AFC a décidé d’inscrire le COI génétique EMBARK sur ses pedigrees pour les éleveurs qui le font calculer. Vous pourrez vous-même constater la différence entre le COI calculé (pour le moment) sur 5 générations, et le COI génétique d’EMBARK.